La iglesia de San Juan se encuentra en la calle Real, ya cerca de la puerta occidental llamada de San Miguel. Es obra de gran monumentalidad por el cuerpo de sus naves y su recia torre.
No hay noticias del proceso constructivo de este templo, cuya morfología corresponde fundamentalmente a dos etapas. El ábside, la torre y el claustro parecen obra de las primeras décadas del siglo XIII; en los comienzos del siglo XVI se renovó la iglesia, conservando el ábside medieval, tipo de iglesia salón, con finos pilares fasciculados que soportan bóvedas a la misma altura en las tres naves, de tipo "hallenkirche".
La torre, que se alza en el lado NO del templo, conserva los caracteres protogóticos; es sobria, con estrechos vanos de medio punto en la parte inferior, otros ya apuntados en la superior, y remates angulares de rudos pináculos; en su interior tiene bóvedas de crucería sencilla. El claustro está en el lado meridional del templo, hacia su parte posterior. Tiene pandas que se asemejan a ejemplos de la primera mitad del siglo XIII (San Andrés de Arroyo o San Francisco de Palencia): columnas pareadas sostienen los recios arcos apuntados de sus galerías.
La cubierta de mediado el siglo XV es una techumbre de par y nudillo, que en algunos puntos se mezcla con la artesa; está ilustrada con pinturas góticas de tipo vegetal y arcos que cobijan bustos humanos y animales, según una factura de cierto realismo, así como escudos, entre los que se incluye el de los Gómez Sandoval, que ostentaron el señorío de Castrojeriz entre los años 1426 y 1476.Autor: Salvador Andrés Ordax. Dìrección Gral. de Patrimonio Cultural JCyL. (servicios.jcyl.es/pweb).