A 21 kilómetros de la capital burgalesa, se encuentra en el centro del valle que da nombre. Tiene el privilegio de ser cabeza del Valle de Santibáñez.
Agrupa su caserío, formado por viejas casonas de piedra que aún conservan escudos nobiliarios en las fachadas, en torno a la espaciosa plaza que se extiende ante la iglesia de San Nicolás.
Santibañez, ha sido y sigue siendo cabeza de arciprestazgo. El nombre en plural de Las Ermitas, indica la existencia de varias iglesias en su zona.
Fue Santibáñez, lugar de Behetría (población cuyos vecinos tenían derecho de elegir a su señor) hasta el año 1.654, en que el Rey, vendió la Villa a Don Juan de Ugarte, Caballero de la Orden de Santiago, por 6.000 ducados, mandando éste que midiesen y amojonasen los términos del pueblo. Tenía entonces Santibáñez Zarzaguda, 150 vecinos, los mismos aproximadamente con los que contaba en 1.759, 143 según el catastro de Ensenada, sin contar los ocho clérigos que servían a la Parroquia. Esta cantidad comenzó a disminuir un siglo más tarde cuando la célebre fábrica de agujas aquí existente, desde el año 1.800 inicia su decadencia.
