El nombre de Isar proviene de la palabra Yessar, terreno abundante en mineral de yeso. En el municipio había explotaciones de este mineral.
Durante la Baja Edad Media y el Antiguo Régimen, el municipio de Isar formó parte de los vastos señoríos de los marqueses de Aguilar de Campoo.
Lugar que formaba parte, del Valle y Cuadrilla de Santibáñez en el Partido de Castrojeriz, uno de de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos, durante el periodo comprendió entre 1785 y 1833, en el Censo de Floridablanca de 1787, jurisdicción de realengo con alcalde pedáneo.