Padilla de Abajo dista de Burgos a unos 45 kilómetros.
Aunque en el término se han hallado restos de edificaciones romanas, sus orígenes en la historia surgen como en la mayoría de las merindades burgalesas, a partir de la repoblación que tuvo lugar en el siglo X. En el siglo XIV, en el famoso Becerro de las Behetrías, figura que Padilla de Abajo pertenecía al antiguo e ilustrísimo linaje de Padilla, adelantados mayores de Castilla, que dio al reino cuatro maestres y dos comendadores mayores de la Orden de Calatrava, un maestre de la Orden de Santiago, un mariscal de Castilla, y multitud de ricoshombres, justicias, guardas mayores y ballesteros mayores del rey.
A este importante linaje medieval perteneció la reina María de Padilla, esposa de don Pedro I el Justiciero. Este señorío perduró en sus descendientes y sucesores los duques del Infantado, hasta el ocaso del Régimen Señorial. Su localización en una llanura propició una economía agraria rica en cultivo de secano con predominio de cereales : trigo, cebada, centeno y legumbres, y también vino. Productos que eran la base de su alimentación y la moneda de pago de los impuestos (alcabalas, tercias..., para los señores; y el resto para la Iglesia, mediante las primicias, el voto de Santiago y otras cargas). Aunque su historia no pasa desapercibida, hay que señalar que Padilla de Abajo cuenta con un conjunto artístico importante centrado en su iglesia parroquial, dedicada a los Santos Juanes (evangelista y bautista). El templo data del siglo XVI y pertenece al gótico tardío.
Dentro de este ámbito Padilla de Abajo está adscrito a los espacios demográficos estancados, tal y como demuestran las estadísticas. A mediados del siglo XVIII contaba con 67 vecinos; al comenzar el siglo XIX había 559 habitantes; 315 en 1860; 585 en 1910; 531 en el año 1960. Es a partir de ese momento cuando comienza el fuerte descenso, en el año 1980 había 194 vecinos.
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