Las Quintanillas perteneció, en un primer momento, a los dominios de Urbel y de Burgos. En el último tercio del siglo XI pasó a depender del alfoz de Muñó junto con 42 poblaciones más. Muñó fue uno de los primeros alfoces de los que se tiene noticia. Lo encontramos ya en el año 922. Únicamente es de notar que Rabé de las Calzadas perteció inicialmente al alfoz de Burgos, aunque más tarde se incorporó al de Muñó. Lo mismo debió de ocurrir con Las Quintanillas.
En un censo de racionamiento, realizado el 30 de noviembre de 1946, que hoy se encuentra en los archivos del Ayuntamiento, al referirse al origen de Las Quintanillas dice: "Durante el período de la reconquista perteneció parte de él al territorio independiente del Urbel, y parte al de Burgos, ambos independientes entre sí, pero dependientes de la autoridad superior de los reyes de León o de Asturias. Durante muchos años, su principal ocupación fue la guerra contra el moro, hasta que fue alejado el enemigo común a las fronteras del Tajo. A partir de esta época se dedicaron al trabajo pacífico del campo. Cambió muchas veces de señor, debido a las ambiciones que existían entre los diferentes guerreros que mandaban estos pequeños estados, hasta que fueron absorbidos e incluidos en uno solo, que fundió la unidad provincial bajo la autoridad de Fernán González, que llegó a declarar la independiente de este condado, emancipándose de la autorida real".
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