Huermeces está situada a la orilla del Urbel, río que nace en los altos del Tozo y, tras abandonar el páramo de San Pantaleón, busca tierras más anchas camino del Arlanzón. El Urbel es importante en la vida de la villa puesto que en él se practica la pesca y fue importante su prestación industrial llegando a funcionar diez molinos simultáneamente. La primera lectura del nombre de la villa es Gormeces (año 1124) que el pueblo transformó en Huermeces con el significado de manantiales que brotan del suelo. Otros dicen que significa hormiguero.
En Huermeces se encuentran huellas del hombre protohistórico que vivió hace 100.000 años. En la Cueva de Valdegoba hay vestigios de la presencia del hombre de Neanderthal. Pero este hombre desapareció hace unos 35 milenios. También aparecen restos del hombre celtíbero en el paso de San Vicente, éste perteneciente a la época más cercana del Calcolítico. Pero estas presencias como las muy posibles romanas y visigóticas, no influyeron en los repobladores-reconquistadores que aparecieron por la localidad en la segunda mitad del siglo IX.
La clave de la reconquista para el occidente norteño de Burgos hay que reconocerla en la ciudad de Amaya Patricia, recuperada par Castilla en el año 860 por nuestro primer conde, don Rodrigo. Por esta fecha, desde las cabeceras del Odra, Hormazuela, Urbel y páramos del Butrón (Villalta) comenzaron a moverse hacia el sur los repobladores. El año 884 es el de la fundación de Burgos y la frontera con los moros queda más abajo del Arlanzón. Hay un documento de Santo Toribio de Liébana, fechado en el año 866, en el que parece aludirse a Huermeces pero en esta fecha los castellanos estaban más atentos a reconquistar Amaya que a repoblar tierras inseguras.
Huermeces ha mantenido su preeminencia hasta nuestros días a pesar de algunas muy graves calamidades como la peste de 1577. En 1591 formaban el partido de Valdesantibáñez y Pedrosa de Río Urbel partido que reunía 23 pueblos con 1.044 vecinos.
A mediados del siglo XIX se pondera su buen término y su caserío con 204 habitantes y al comenzar el siglo XX la Villa reunía 385 habitantes que en 1950 eran 421. A partir de esta fecha en Huermeces impactaron los grandes cambios sociales y económicos: industrialización, mecanización y concentración de los campos, abonos químicos etc.
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